Русифікація і знищення провідних викладачів стали фінальним акордом 30-х років.
На початку 30-х рр. ХХ століття у Радянському Союзі почала вибудовуватися вертикаль особистої влади Йосипа Сталіна. Важливим фронтом її закріплення стала освіта, особливо значну увагу почали приділяти управлінню педагогічними вишами, одним з яких і став Полтавський педагогічний інститут.
Починаючи з 1937 року поступово ліквідовують робітфаки в районах. Це, а також створення окремої Полтавської області 22 вересня 1937 року сприяло зростанню числа студентів вишу.
Паралельно з цим дедалі більше у закладі починається політика русифікації. Останні паростки українізації, які ще існували були знищені. З вересня 1937 року вводиться обов’язкове навчання російською мовою в усіх школах СРСР. Вивчення української філології у виші поступово стає менш престижним, у порівнянні з російською.
Водночас репресії у СРСР сягнули свого апогею. Панувала так звана «єжовщина», особливий період названий на честь комісара державної безпеки Миколи Єжова. Влада сприяла, аби доносили на сусідів, колег і навіть родичів. У Полтавському педінституті зняли з посади по доносу ректора, деканів усіх факультетів, багато викладачів. Декого відправили в Сибір, декого розстріляли.
Попри такі негативні події в суспільстві, в інституті продовжували розвиватися наукові та педагогічні науки. У листопаді 1937 року кафедру біології розділили на дві кафедри: ботаніки та зоології. З їхньої діяльністю пов’язані імена видатних вчених-педагогів. Зокрема, Ф. Курінний, тривалий час очолював кафедру біології, був випускником Полтавського вишу, працював спочатку лаборантом, згодом став її головою. Він зібрав багату колекцію рослин, залучивши туди зразки із Ялтинського Нікітського ботанічного саду, Леніградського (Петербурзького) Головного ботанічного саду, кліматичної станції в Тулі, розплідника із Симбірська (Ульяновська). Завдяки цій багатій базі, Курінному вдалося підготувати не одне покоління науковців, а його колекція стала основою для подальшого перетворення освітнього закладу в один з освітніх та наукових центрів не лише УРСР, а і всього союзу.
Виконувачем обов’язки ректора призначили Гаврила Захаровича Івашина, який зумів протриматися пів року, до березня 1938 року. Через чистку викладацького складу, в університеті почали відчувати кадровий голод. Тому на початку 1938 року деяких викладачів поновили, до 15 січня 1938 року вони мали надати відомості про наявність ученого звання; дані про освіту, педагогічний стаж.
27 березня 1938 року був виданий Наказ № 25, який запровадив штатно-окладну систему оплати праці для викладачів. У той же день Наказом № 494 Наркомат освіти призначив Миколу Васильовича Доценка ректором інституту. До цього він два роки працював викладачем на кафедрі педагогіки. Він у своїй діяльності зосередився повністю на покращенні організації навчального процесу. Одним із перших його нововведень став чіткіший розклад сесій і процесу перескладання іспитів, що вводилося для реалізації Постанови Ради народних комісарів і ЦК ВКП(б) схваленої 23 червня 1936 року «Про роботу вищих навчальних закладів і про керівництво вищою школою». Обов’язковим для вивчення став курс релігії та атеїзму.
У 1938 році вкотре зазнали реорганізації кафедри хімії, їх об’єднали. Наказ директора №25 від 26 березня 1938 року затвердив штат кафедри у кількості трьох осіб: керівник – М. Дашевський, асистенти – М. Пилипченко, А. Каришин.
У 1939 році відбувся поділ деканатів на частини: денні й заочні. У цей час на заочному відділенні вчилося 2893 студентів (більшість із них були студентами філологами). На денній формі навчалося набагато менше –1413 студентів.
«Великий терор» негативно вплинув на розвиток Полтавського педагогічного інституту зменшивши кількість фахових викладачів та жагу до знань. Не віталися «вискочки» – люди, які хотіли зробити більше, дізнатися, проаналізувати. Зрештою це, а також русифікація, призвели до морального руйнування педагогічної науки та поставили життя цілих поколінь на служіння інтересам партії і вождів.