Громадянська війна та окупація негативно вплинули на розвиток одного із провідних вишів України.
28 квітня 1918 року німецька окупаційна адміністрація повалила уряд Центральної Ради і привела Гетьмана Павла Скоропадського до влади: була проголошена програма побудови Української держави. Зміни торкнулися й освіти.
З нового навчального року рекомендували в учительських інститутах викладати релігію, українську мову і літературу, російську мову і літературу, граматику, художню творчість, історію України, історію культури, природознавство, географію, математику, фізику.
Майбутні вчителі обов’язково мали вивчати педагогіку, яка повинна була містити історію педагогічної дисципліни, філософію, психологію, логіку, теорію навчання.
Постанова Міністерства освіти та мистецтв від 10 серпня 1918 року скасувала обов’язковість дворічного стажу роботи вчителем для вступу до педагогічних інститутів. Відтепер на навчання приймали осіб незалежно від статі, випускників чоловічих і жіночих гімназій, реальних і комерційних шкіл, кадетських корпусів, учительських семінарій.
Від 6 жовтня при полтавській «Просвіті» почав діяти історико-філологічний факультет. Полтавська інтелігенція бачила у ньому основу для майбутнього класичного університету. Будівля факультету розміщувався на вулиці Шевченка. Лекції читали переважно професори з Харкова та втікачі з більшовицької Росії.
Щодо Полтавського учительського інституту, то з ним ситуація не дуже зрозуміла. Влітку 1918 року відбувся другий випуск вчителів, а на осінь знову набрали курс, через зростаючу мережу шкіл на Полтавщині та потребу у викладачах української мови.
Згідно спогадів відомого педагога Григорія Ващенка, восени 1918 року інститут та факультет були об’єднані. Дослідник історії Полтавського вчительського інституту Леонід Булава вважає причиною такого злиття економічні причини. На його думку, факультет, який фінансувався за кошти земств і кооперацій, мав потужнішу базу, ніж педагогічний інститут, який отримував кошти з державного бюджету, що у часи війни і частої зміни влади було ризикованим.
З поразкою Німеччини і Австро-Угорщини у Першій світовій війні уряд Гетьмана Павла Скоропадського втратив опору і невдовзі був зміщений. До влади прийшла Директорія, яка кинула Україну в хаос своїми соціалістичними експериментами. Нестабільністю одразу вирішили скористатися більшовики, які знову розпочали війну проти України.
Ще до підходу більшовиків міністр освіти Директорії Іван Огієнко (відомий в історії як Митрополит Іларіон) видав розпорядження про необхідність розробки законопроєкту «Про Полтавський університет», але вступ комуністів до Полтави у січні 1919 року, не дав здійснити намічене.
У березні Рада Народних комісарів УСРР видала Декрет «Про вступ до вищої школи», який передбачав скасування дипломів, іспитів і наукових ступенів. Комерційний інститут, правничий та історико-філологічний відділи, які тоді існували в Полтаві, планувалося об’єднати в один університет.
Проводилася робота по створенню статуту для Педагогічного інституту. За ті пів року, які комуністи перебували в Полтаві, вони принесли лише розруху.
Політика «воєнного комунізму», тотальна націоналізація, нищення церков, руйнування моралі, інституту шлюбу і родини привели до того, що виникла загроза для початку навчального року і прийняття нових студентів до вузу.\
Інтелігенція була оголошена поза законом, вільних хліборобів переслідували і грабували, тому ті, хто був освічений, або мігрували на території, контрольовані денікінцями, УНР, Антантою, або перебували у глибокому підпіллі.
Однак, 29 липня 1919 року в ході загального наступу Полтаву зайняли білогвардійські війська Антона Денікіна. Нова адміністрація оголосила, що всі законодавчі норми та акти, прийняті після 7.11.1917 (дня більшовицького перевороту і проголошення Центральною Радою Української народної республіки (УНР)) вважати недійсними.
Викладання української мови, літератури та історії було заборонено. Всі освітні заклади знову перевели на російську мову. За таких обставин директор Полтавського вчительського інституту Олекса Левитський вимушений був виїхати на Кубань. Новим директором призначили колишнього інспектора чоловічої гімназії Ковалевського. Українських викладачів звільнили. У цей час у Полтаві денікінці здійснювали терор одночасно і проти більшовиків, і проти прихильників самостійності України.
В кінці 1919 року Червона армія відновила контроль над Полтавою. З відступом білогвардійців інститут вкотре зіткнувся із браком кадрів, бо чимало викладачів виїхали з денікінцями.
Голова Губернського революційного комітету Я. Дробніс видав 13 січня 1920 року наказ №3, який перетворив учительський інститут у Полтавський український педагогічний інститут.
Треба зазначити, що третій прихід більшовиків відзначився деякою демократизацією, лідери більшовиків Володимир Ленін і Лев Троцький розуміли, що українці, які змогли створити власну державу, навряд чи змиряться з її втратою, а терор лише посилить сепаратистські тенденції.
Для стимулювання лояльності почалася деяка демократизація життя, українізація освіти, суспільно-політичного життя, надано ширші права і автономію вишам.
У Полтаві була створена педагогічна рада, яка демократично управляла освітнім закладом. Їй було дозволено обирати органи управління інституту. Протягом лютого-жовтня 1920 раду її очолював Олександр Булдковський, потім І. В. Лебединський, на початку 1921 року – Валентин Ніколаєв. Педагогічний колектив на серпень 1920 року налічував 24 викладачі. Життя в інституті поступово відроджувалося.
Спеціально для «Останнього Бастіону»